由于马红球菌寄生于细胞内，因此长期以来人们都是用亲脂性药物治疗马红球菌肺炎。最常用的治疗药物是大环内酯类抗生素，如红霉素、庆大霉素及脂质体庆大霉素，这些药物主要作用于粒细胞和巨噬细胞。当使用利福平与红霉素联合治疗时，马驹死亡率从80%降至12%。

然而，由于这些药物的长期使用，马红球菌的耐药性也逐年上升。近几年来报道指出，利福平和红霉素对马红球菌的最小抑菌浓度一直呈上升趋势，甚至由于频繁使用抗生素，马红球菌已经产生了耐药菌株。而到目前为止，尚未有可推行的疫苗来进行免疫预防。 

宿主感染马红球菌的免疫机制中，马驹因其免疫细胞功能缺陷成为易感宿主，但目前对马驹的免疫系统、细胞因子及抗原提呈细胞在抗感染中所起的作用并不完全了解。因此，更加深入了解马驹的免疫系统、细胞因子及抗原提呈细胞对于马红球菌致病机制及疫苗的研发会有很大帮助。

在马红球菌与巨噬细胞相互作用中，马红球菌通过抑制吞噬体/自噬体与溶酶体融合，形成pH呈中性的环境，从而促进马红球菌在巨噬细胞内的生长。自噬作为真核细胞中保守的降解途径，在细胞的生存、抗感染免疫等方面起着重要作用。因此，探索马红球菌与巨噬细胞自噬的关系有助于进一步了解该病原菌的致病机制。

马驹的免疫的过程中出现了较强的Th1型免疫反应，但最后马驹均发展为肺部病变，这可能是因为马驹的Th2型反应受损以及其IgGb、IgE和IgA水平较低。从马红球菌诱导宿主的免疫应答特点可以看出，理想的疫苗不仅要平衡Th1/Th2免疫应答，还要诱导宿主产生高亲和力的抗体，因此合适的抗原蛋白以及平衡Th1/Th2免疫应答的免疫佐剂的选择至关重要。综上，继续对宿主感染马红球菌的免疫机制进行探索对于疫苗的开发利用和病原菌的防治都有着重要意义。